Museum Carnuntinum nesmiete vynechať pri žiadnej z návštev Carnunta. Stavba je dielom dvoch najrenomovanejších architektov rakúsko-uhorskej monarchie: Friedricha Ohmanna a Augusta Kirsteina. Múzeum otvorilo svoje brány v roku 1904 a slávnosť poctil osobnou prítomnosťou rakúsky cisár František Jozef I..
Financie na výstavbu múzea poskytla Spoločnosť priateľov Carnunta zo súkromných prostriedkov s cieľom poskytnutia dostatku dôstojného priestoru na uloženie rozsiahlych zbierok z prvého archeologického výskumu lokality. Museum Carnuntinum sa tak stalo prvým múzeom archeologických nálezov v Rakúsku a prezentuje veľkú časť zbierok nálezov z antického Carnunta zo Spolkovej krajiny Dolné Rakúsko.
Výstava „Rímska orlica“
Aktuálna výstava „Rímska orlica - Carnuntum a armáda cézarov“ prezentuje najaktuálnejšie výsledky výskumov k vojenskej topografii a zameriava sa na život rímskeho vojska. Odpovedá na otázky, odkiaľ vojaci pochádzali, ako sa vyvíjala ich kariéra, akú mali výzbroj a ako rímske ozbrojené sily fungovali. Originálne nálezy poskytujú možnosť dozvedieť sa zaujímavé podrobnosti o kariére a životných osudoch rímskych vojakov.
